Nhà kho bảo quản tài liệu Mộc bản được khởi công xây dựng trên một quả đồi thuộc quần thể khu Biệt điện Trần Lệ Xuân. Nơi đây có địa thế cao, thuận tiện giao thông, có địa chất ổn định, thoát nước nhanh, không ở gần các khu vực dễ xảy ra cháy nổ, ô nhiễm. Nhà kho được thiết kế 2 lớp tường bảo vệ, dưới dạng kho trong kho.
Vậy, tại sao lại đặt một kho lưu trữ chuyên dụng tại thành phố Đà Lạt? Vì Đà Lạt là nơi có khí hậu mát mẻ, ổn định quanh năm, là một trong những điều kiện lý tưởng để bảo quản khối tài liệu Mộc bản Triều Nguyễn – Di sản Tư liệu thế giới.
Ngoài ra, nhà kho có hệ thống đường hầm nối liền với khu biệt thự Lam Ngọc trong quần thể Biệt điện Trần Lệ Xuân, đây cũng là hệ thống hỗ trợ trong việc thoát hiểm tài liệu và con người khi có hỏa hoạn xảy ra.
Về lý do di chuyển Mộc bản từ Huế lên Đà Lạt vào năm 1960, Viện Bảo tàng Huế (nơi lưu giữ Mộc bản khi đó) cho rằng: “Với khí hậu khô ráo quanh năm của Đà Lạt, sách vở và sử liệu, nhất là Mộc bản có thể được bảo tồn lâu dài”. Và theo ý kiến của nhiều nhà nghiên cứu, việc di dời toàn bộ Mộc bản cùng văn khố Hoàng triều như Châu bản, Địa bạ, sách Ngự lãm lên Đà Lạt là do Chính quyền Việt Nam Cộng hòa đề phòng chiến tranh xảy ra ở vùng giới tuyến Trị Thiên có thể tàn phá, làm mất mát, hư hỏng đối với các di sản tư liệu này.
Tài liệu Mộc bản Triều Nguyễn hiện nay đang bảo quản tại các phòng kho lưu trữ chuyên dụng của Trung tâm Lưu trữ quốc gia IV; được sắp xếp trên kệ, cố định vị trí bằng các tấm đỡ tài liệu. Mộc bản được chỉnh lý theo chủ đề như lịch sử, địa lý, văn hóa, quân sự,… Kho bảo quản được trang bị máy đo nhiệt độ, độ ẩm để kiểm tra, theo dõi, kiểm soát nhiệt độ, độ ẩm tối ưu nhằm kéo dài tuổi thọ cho khối tài liệu.